На исходе века на Преображенском приходе произошли значительные изменения. Как уже было сказано в главе, посвященной приходам храмов, находившихся в селе Горы, дворы деревни Холмы, прежде приписанные к приходу тамошней Сергиевской церкви, по просьбе владельцев вотчины в 1799 году были возвращены в приход Преображенской церкви села Бояркино. Впоследствии это обстоятельство сыграет весьма важную роль в жизни прихода. Двумя годами позже, после того, как была упразднена Коломенская епархия и приходы Коломенского уезда отошли под руку Московской консистории, управляемые викариями, изменился штат священно- и церковнослужителей. По недостатку земли «церковной пропорции» для прокормления двух комплектов причта была подана просьба о сокращении штата. И по этой просьбе владыкой Августином, епископом Дмитровским, в 1806 году было определено при Спасо-Преображенской церкви быть одному священнику, одному дьякону, дьячку и пономарю. В настоятели при этом штате был определен посвященный во иерея дьякон Василий Иванов, тот самый сын слепого батюшки Иоанна Никитина, подозревавшийся в том, что хворает «французской болезнью», но оправданный медицинским свидетельствованием. Этот факт открывается нам в архивном деле, к которому мы обратимся несколько позже. При определении же нового штата в 1806 году отмечалось, что члены причта имеют свои собственные деревянные дома, выстроенные на церковной земле. Содержание же причта Преображенской церкви было, как практически повсеместно в этом краю, названо посредственным. Из зданий, приписанных к Преображенской церкви, числилось только три деревянные часовни в деревнях, принадлежавшие данному приходу. Вскоре после войны с Наполеоном на приходах в Коломенской округе освободилось много священнических мест. Объяснить эту тенденцию каким-то общим понятием весьма затруднительно, ибо передряги военной поры Коломенский край практически не затронули. Во всяком случае, война коснулась жизни коломенского священства куда в меньшей степени, чем в тех уездах, через которые шел неприятель, где происходили сражения и двигались войска двух армий, сопровождавшие свои маневры отчаянным мародерством, разорявшим крестьянские дворы и дворянские усадьбы, не щадя и служителей сельских храмов. Нет известий и о каком-то повальном море, погубившем множество людей разом. И тем не менее как раз после военной поры, между 1812 и 1816 годами, в очень многих приходах сменились настоятели и причетники. Вот и в Бояркино к 1814 году место священника осталось праздным. И «уведомившись о том», о поставлении на него просил студент Славяно-греко-латинской академии Иван Лебедев. С этого было начато то самое дело, которое упомянуто нами выше. Студент Лебедев подал свое прошение на имя владыки Августина, епископа Дмитровского, 13 мая 1814 года. На следующий день, 14 мая, подал прошение о произведении в сан священника и о поставлении на место иерея при Преображенской церкви села Бояркино другой студент Славяно-греко-латинской академии Михайла Попов, который был певчим в епископском хоре. По справке, выданной консисторией на основании ведомости за 1813 год, было видно, что при Преображенской церкви в Бояркино значился священник Василий Иванов, «который, как рапортовал местный благочинный, 1814 года января 20-го дня умер». После его кончины место оставалось праздным. В причте также числился дьякон Иван Никифорович Поликарпов, которому было 26 лет. В школах он не обучался и изначально 27 января 1808 года преосвященным Августином, епископом Дмитровским, викарием Московской епархии, он был поставлен в пономари к Преображенской церкви села Бояркино, а позже его посвятили в стихарь. На своем пономарском месте Иван Никифорович показал себя столь хорошо, что 12 апреля 1812 года тот же епископ Дмитровский Августин посвятил его во диаконы. Женат он был на Варваре Ивановне, и родились у них три дочери: Наталья, Татьяна и Евдокия. Дьячком в причте состоял Иван Стефанов, 37 лет, женатый, и пономарь Михаил Иванов, о котором известно несколько больше из позднейших документов. Полностью он звался Михаилом Ивановичем Никольским, был сыном священника. Учился в Московской семинарии, но не пошел далее низшего отделения. По увольнении из студентов 22 октября 1811 года преосвященным Августином был поставлен во дьячка к церкви Святой Живоначальной Троицы в селе Троицком, «Зотово тож», Бронницкого уезда. В апреле же 1812 года, 17-го числа, Михаила Ивановича перевели в пономари в Преображенской церкви села Бояркино. Женат был Михаил Иванович на Акилине Поликарповне. У них родилась дочь Олимпиада. В том, что дьякона и пономаря поставили на Преображенский приход в апреле 1812 года, в буквальном смысле на одной неделе, еще раз удивляет такими заметными переменами на приходе, при отсутствии к тому каких-то явных причин, отмеченных документами. Остается только предположить, что по этим местам прошла какая-то губительная эпидемия. Тогда обычный грипп выкашивал целые округа. Приходских дворов при Преображенской церкви в селе и нескольких деревнях насчитывалось 244 двора. В том числе и 4 двора причта, находившихся на церковной земле, с деревянными строениями, принадлежащими священнику и членам причта. Крестьяне и дворовые люди, жившие в разных селениях, принадлежали разным помещикам. К церкви относилась «указанная пропорция» пашенной, сенокосной и усадебной земли, и от той земли, отдаваемой крестьянам, причт получал содержание хлебом на 500 четвертей и деньгами 300 рублей (четверть – мера сыпучих тел, равная 209,91 литра, то есть выходит, что причту полагалось около 104 тонн хлеба). Что же до претендовавших на место священника при Преображенской церкви в Бояркино студентов, то о них были вытребованы справки из академии. По ним оказалось, что Иван Лебедев был сыном дьякона села Ильинского на Городище Звенигородского уезда Прохора Николаева. От роду ему было 23 года, не женатый. Дел и подозрений за ним по консистории не имелось. От академического начальства было прислано свидетельство о том, что Иван Лебедев учился хорошо, поведения весьма похвального, курс богословия окончил «и к производству во священника уволен быть может». Другой студент, Михайла Попов, был сыном Василия Авраамова, священника церкви Никиты Мученика села Никитского Подольской округи. В 1814 году ему уже шел 29 год, и курс богословия в академии он окончил в 1812 году, «показывая похвальные успехи», как отозвалось о нем академическое начальство. Дел и подозрений по консистории о нем не оказалось. Дожидаясь места, он состоял певчим при епископском хоре. Из этих двух претендентов на место к бояркинской церкви был избран Иван Лебедев, которого подвергли допросу в консистории, а после того, как он ответил на все пункты и подтвердил все необходимые обязательства, принимавшиеся теми, кто готовился к принятию сана священника, 20 июля 1814 года был он посвящен во диакона в Ильинской церкви, что на Гороховом поле в Москве. Еще через два дня, 22 июля 1814 года, в Екатерининской церкви при Воспитательном доме его рукоположили в сан и определили к месту настоятеля Спасо-Преображенской церкви в селе Бояркино Коломенского уезда. На этом месте отец Иоанн Прохорович Лебедев прослужил до 1828 года, когда, по-видимому, скончался. Судить об этом можно только предположительно, по косвенному свидетельству, а именно от даты назначения на приход нового священника.